A causa della troppa sete di potere e del chaos venutosi a creare fra i regni, l'Elder God Argus e sua moglie Delia decidono di creare un essere, Blaze, che avrebbe portato la distruzione di ogni regno, a meno che qualcuno non lo riesca a sconfiggere ed allora il potere di ricreare ogni cosa passerà al vincitore dello scontro. Ovviamente i due dei confidavano molto nella riuscita di uno dei loro due figli, Taven e Daegon, ma, non appena la guerra prese piede sotto la piramide di Argus, in Edenia, le cose peggiorarono di molto. Quasi tutti i guerrieri sotto la piramide erano più decisi a salvare la loro pelle e ottenere il potere di Blaze che pensare al futuro di ogni regno. Così, allo scadere del tempo prestabilito, nessuno dei lottatori, Taven e Daegon compresi, riuscì a raggiungere e sconfiggere Blaze. Così l'Armageddon prese luogo... il corpo di Blaze esplose e la sua energia attraversò ogni guerriero nelle vicinanze. Molti non riuscirono a reggere tale potere all'interno del proprio corpo, che gli portò a consumarli fino alla morte, altri invece avevano abbastanza forza vitale e pura da sopportarlo e uscirne illeso o con qualche ammaccatura e vennero riportati nel proprio regno. In quella distesa dove sorgeva la piramide di Argus, oramai non vi era più nulla di vivo, cadaveri e macerie ricoprivano la vallata. Un nuovo mondo era pronto a rinascere... Dopo 20 anni dall'Armageddon, oramai ogni regno aveva ripreso il proprio circolo vitale: l'Earthrealm ha ritrovato la pace e la libertà dagli invasori dell'Outworld; il Netherrealm è vigilato severamente da un nuovo guardiano con il compito di sorvegliare ogni demone all'interno in modo che non possa fuggire; il Chaosrealm ha chiuso i suoi portali coi mondi esterni; l'Orderrealm ha ritrovato l'ordine e ogni traditore è stato punito con l'assunzione a lavori forzati; l'Outworld ha perso il controllo sul regno Vaeternus, che ora ha ripreso il suo corso vitale, e sempre all'interno dell'Outworld, nei pressi della Foresta Viva, vi è stata creata la nuova Zaterra; l'unico regno che non vide la pace fu Edenia, dove le cose non vanno molto bene... in effetti dopo la morte di Sindel e la "presunta" morte della regina Kitana, a regnarvi vi è l'unica parente di "sangue", la terribile Mileena pronta a creare il suo regno di terrore. La tranquillità dei regni trascorreve comunque in modo normale, fino a quando il regno di Mileena non venne minacciato dagli Elder Gods, infatti si è venuto a scoprire che Kitana ha avuto una figlia segreta dal suo amore con un terrestre, e che è questa ad essere destinata come vera erede al trono, prima di Mileena, ma per poterlo diventare deve eseguire il rito dell'immortalità edeniano e compiere il 21esimo anno di vita terrestre. Così Mileena dopo vari tentativi di ricerca, con l'aiuto del nuovo clan mafioso dell'Earthrealm, lo Scarlet Dragon, comincia le ricerche della ragazza con obiettivo principale quello di trovarla e ucciderla, ma le ricerche fallirono, qualcuno di molto potente stava proteggendo la vera identità della ragazza, quindi Mileena dovrà ricorrere alla sua ultima arma. Con scopo di ingrandire il suo regno e conquistare nuovamente ogni regno precedente perduto, e dimostrare che, al contrario di Kahn, lei può riuscire a impadronirsi della Terra, e allora, sterminare e schiavizzare ogni terrestre e, quindi, sbarazzarsi del problema "erede al trono", decide di organizzare un nuovo torneo del Mortal Kombat. Come di prassi, 3 inviti vengono mandati sulla Terra a tre semplici ragazzi che stanno per conoscere un mondo del quale non avevano mai saputo neppure l'esistenza.