Il ninja riappare smascherato, tradito dal suo clan del Lin Kuei. Egli aveva infranto i Sacri Codici d'Onore abbandonando il clan ed è ora stato segnato a morte. Ma a differenza degli antichi ninja, i suoi inseguitori adesso sono delle macchine. Egli deve difendersi non solo dalla minaccia dell'Outworld, ma deve anche eludere i suoi assassini senz'anima.

In una battaglia decisiva Sub Zero si incontrò faccia a faccia con Cyrax e Sektor: ma non solo. Lui trovò anche il suo terzo assassino Lin Kuei, l'elusivo Smoke. Prima dell'automazione, Smoke e Sub Zero erano grandi alleati. Sub Zero riuscì ad aiutare Smoke a ricordare il suo passato e riuscì a guadagnarlo come alleato un'altra volta.

Sub Zero sconfisse i suoi assassini cyborg con l'aiuto di Smoke e poi riuscì a scoprire come sfruttare la sua forza per distruggere Shao Kahn e i suoi secondi nell'Outworld. Il possente ninja scomparve un'altra volta nell'ombra. La sua esistenza era conosciuta soltanto da un prescelto selezionato.