Per secoli la Terra ha usato Mortal Kombat per difendersi dall'Imperatore dell'Outworld, Shao Kahn. Gli ultimi nove tornei sono stati vinti dai malvagi guerrieri dell'Outworld. La regola era semplice: se Shao Kahn avesse vinto il torneo dieci volte di fila, la terra e tutti i suoi abitanti sarebbero diventati suoi e i lottatori della Terra sarebbero stati uccisi senza pietà dai malvagi guerrieri dell'Outworld. Kahn va su tutte le furie quando perde il decimo e più importante torneo ad opera dei coraggiosi e valorosi guerrieri della Terra guidati da Rayden, il potente Dio della tempesta e dei fulmini.

Frustrato dal tentativo fallito per ben due volte di impossessarsi della Terra attraverso il torneo, Kahn attua un piano che era cominciato 10.000 anni fa. A quel tempo, Shao Kahn aveva una regina di nome Sindel la cui morte prematura non era stata prevista. I Preti Ombra di Shao, guidati da Shang Tsung, avevano fatto in modo che lo spirito di Sindel fosse un giorno rinato in qualche modo, non nell'Outworld ma nel reame della Terra stesso, creando un collegamento arcano tra il nostro pianeta e l'Outworld. Un collegamento che sarebbe diventato sempre più forte man mano che lo spirito di Sindel sarebbe fiorito nel suo corpo terrestre.

Rendendosi conto che sotto la sapiente guida di Rayden i guerrieri terrestri avrebbero iniziato a dominare i tornei di Mortal Kombat, Shao Kahn decise di utilizzare un asso nella manica. Lo spirito di Sindel diventò molto potente e sviluppò un collegamento mistico tra l'Outworld e la Terra. Con l'intento di riprendersi la sua regina, Kahn acquistò il potere di entrare nelle porte dimensionali e si impadronì della Terra, trasformando letteralmente il pianeta in una parte di Outworld e impossessandosi di ogni anima.

Ma ci sono ancora delle anime che Kahn non può prendere. Queste sono le anime dei guerrieri scelti per rappresentare la terra in un nuovo Mortal Kombat. Tuttavia, senza l'aiuto di Rayden, i loro poteri diventerebbero più deboli e potrebbero essere sconfitti facilmente. Così Shao Kahn inviò un'armata di feroci guerrieri dell'Outworld per trovarli ed eliminarli. Alcuni dei guerrieri della Terra sopravvissero agli assalti. Molti perirono, ma i pochi rimasti hanno una possibilità di salvare il genere umano e partecipare, volenti o nolenti, al Mortal Kombat decisivo...